Bibliografski alati, odnosno Reference management software, su programi namenjeni prvenstveno akademskoj javnosti za generisanje, čuvanje i upravljanje citatnim podacima u cilju pojednostavljivanja procesa pisanja naučnog rada. Postoji veliki broj ovakvih programa. Nude različite mogućnosti pa su neki od njih i društvene mreže koje omogućavaju zajednički rad na jednom predmetu i razmenu iskustava, drugi omogućavaju i čuvanje fajlova i anotiranje u samom programu. Neki programi imaju razvijene dodatke za programe za obradu teksta (npr. Word) što olakšava unošenje citata i bibliografije prilikom pisanja rada. Neki su komercijalni, drugi su besplatni. Zavisno od svojih potreba i mogućnosti naučnici sami biraju program za svoj rad. Postoje i komparativne analize koje mogu pomoći prilikom odabira (Comparison of Reference Management Software ili Comprehensive Comparison of Reference Managers Mmendeley vs Zotero vs Docear). Na ovoj strani izdvojeni su neki od besplatnih bibliografskih alata.

Zotero

Zotero je besplatan program za upravljanje bibliografskim podacima i istraživačkim materijalom, kao npr. PDF-fajlovima. Može da se koristi kao plug-in na FireFox-u ili kao standalone aplikacija. Zotero omogućava da se podaci čuvaju na personalnom računaru, ali i na vebu kako bi se podacima moglo pristupiti sa bilo kog računara. Obe lokacije je moguće sinhronizovati.

Zotero automatski prepoznaje sadržaje na pretražvaču. U liniji URL-a se pojavljuje ikonica koja omogućava da se bibliografski podaci sa te stranice sačuvaju u Zotero-biblioteci, a ako je dostupna, može da se preuzme i kopija PDF-fajla. Korisnik ovaj zapis u svojoj biblioteci može da anotira, da mu dodajte tagove, priloge i druge meta-podatke. Ovim se olakšava organizovanje i pretraživanje biblioteke. Prilikom pisanja rada u programu za obradu teksta sa instalira plug-in pomoću kog se direktno unose refernece iz svoje biblioteke u željenom stilu. Zotero podržava većinu stilova akademskih časopisa. Zotero takođe omogućava uvoz i izvoz bibliografskih podataka drugih programa za upravljanje referencama.

Zotero je razvijen u Centru za istoriju i nove medije pri Univerzitetu „Džordž Mejson" i njegov razvoj podržava jedna široka zajednica.

Biblioteka Instituta za tehničke nauke je napravila detaljno upustvo za instalaciju Zotera i njegovu upotrebu.

Biblioteka Instituta Ruđer Bošković je izradila Zotero-priručnik koji je moguće preuzeti.

Mendeley

Mendeley je besplatan program za upravljanje referencama, organizovanje biblioteke referenci i akademska socijalna mreža. Mendeley je moguće koristiti besplatnim registrovanjem na Mendeley-portalu čime se odmah pristupa i socijalnoj mreži. Dostupna je desktop-aplikacija i obe ove varijante se sinhronizuju. Podaci biblioteke se čuvaju na serveru Mendeley-a i dostupni su samo registrovanom članu kom se dodeljuje 2GB prostora.

Za uvoz podataka sa veba Mendeley je kreirao ikonu (bookmarklet) koja se jednostavno prevlači na liniju obeleživača pretraživača preko koje se jednostavno učitavaju podaci u biblioteku. Mendeley automatski preuzima metapodatke koje je moguće proširivati i obeležavati radi bolje organizacije i pretrage vlastite biblioteke. Za pisanje rada, odnosno citiranje, Mendeley je razvio plug-in koji se instalira u programu za procesiranje teksta. Mendeley podržava najčešće citatne stilove u akademskim časopisima. Moguće je uvoziti i izvoziti podatke drugih programa za upravljanje referencama. Takođe je moguće formirati zatvorenu grupu koja radi na jednom projektu bez direktnog kontakta.

Mendeley se od 2013. nalazi u vlasništvu Elseviera što je izazvalo kritike dela naučne javnosti koji se zalaže za Otvoreni pristup. U ponudi je besplatna verzija, ali je moguća nadogradnja uz plaćanje.

Mendeley nudi dobru podršku za svoje korisnike sa kratkim i jasnim uputstvima koji su dostupni na njihovom YouTube-kanalu.

CiteULike

CiteULike je servis za čuvanje, upravljanje i deljenje biblioteke referenci jednog istraživača. Razvijen je sa željom da se promoviše i razvija deljenje citatnih informacija između naučnika. Servis je besplatan i smešten je na centralno-hostovanom sajtu. Za korišćenje ovog servisa nije neophodan softver. Dovoljno je registrovati se na ovom sajtu, zatim sa kartice „CiteULike" izabrati Browser Button i link „Post to CiteULike" prevući na liniju obeleživača pretraživača. Ovom ikonicom se preuzimaju bibliografski podaci koji se skladište u biblioteku. Ovaj servis preuzima bibliografske podatke sa velikog broja online časopisa. Prilikom preuzimanja bibliografskih podataka oni su po automatizmu javni, vidljivi su za celu mrežu, ali se ovo može promeniti odabirom opcije „privatno". Zapis je moguće editovati – dodavati mu tagove radi lakše pretrage i upravljanja bibliotekom. Reference je moguće izvesti na lokalni računar pomoću BibTeX-a i EndNote-a.

CrossRef

CrossRef je zvanična agencija za registraciju DOI brojeva. Digital Object Identifier (DOI) je jedinstvena niska koja se dodeljuje pojedinačnom članku, digitalnom objektu. Dobijanjem ovog broja korisniku se garantuje da će do određenog članka, odnosno bibliografskih podataka uvek doći, bez obzira da li se menja adresa datog časopisa. Za dobijanje DOI broja izdavač registruje časopis u CrossRef agenciji, potpiše ugovor i generiše metapodatke za radove u časopisima. U Srbiji je ova procedura objedinjena preko doiSerbia, sistema postavljenom u Narodnoj biblioteci koji ostvaruje saradnju sa CrossRef-om, a faninasira ga Ministarstvo nauke.

Naučnici mogu da koriste CrossRef-servis za proveru ispravnosti pisanja referenci tako što se spisak referenci iz Word-ovog dokumenta (ili nekog drugog programa za obradu teksta) iskopira, nalepi u prozor na strani za jednostavno pretraživanje teksta i pritisne dugme „Submit". Prethodno je potrebno besplatno se registrovati na CrossRef-u servisu. CrossRef neće prepoznati reference koje nisu u skladu sa pravilima citiranja, odnosno ako sadrže podgrešan podatak. Za sve radove koji su pravilno citirani, a objavljeni u časopisu koji je uključen u ovaj sistem, ovaj servis će pripisati DOI broj.