Odeljenje za evolucionu biologiju osnovano je 1991. godine radi koncepcijskog usklađivanja različitih istraživačkih programa vezanih za evoluciju, što je uz uvođenje novih biohemijskih, molekularno bioloških, kvantitativno genetičkih, ekoloških, kao i varijaciono-statističkih metoda, omogućilo detaljniji uvid u različite aspekte procesa specijacije.

Budući da unutar bioloških nauka, evoluciona biologija daje teorijski okvir za interpretaciju svih bioloških fenomena – od gena do ekosistema - osnovni cilj istraživanja u Odeljenju su analize elemenata populacione strukture različitih biljnih i životinjskih taksona.

U Odeljenju se istražuju brojni naučni problemi od savremenog evolucionog interesa koji obuhvataju: biohemijske, fiziološke, i morfološke odgovore, kao i odgovore karakteristika životne istorije na fluktuirajuće uslove životne sredinske (npr. fenotipska plastičnost); utvrđivanje odnosa između stabilnosti razvića i adaptivne vrednosti; genetičke i morfološke aspekte populacione divergencije; evoluciju karakteristika životne istorije i ekološki važnih morfoloških i fizioloških osobina; analizu genetičke osnove preferencije staništa; uticaj heterohronije (npr. pedomorfoza) na morfološke osobine i karakteristike životne istorije; faunistička i biogeografska izučavanja različitih grupa kičmenjaka, uključujući njihovu filogeniju, filogeografiju, kao i različite aspekte zaštite i očuvanja.