Odeljenje za evolucionu biologiju obrazovano je 1991. godine radi koncepcijskog usklađivanja različitih istraživačkih programa vezanih za problematiku evolucije živog sveta, što je, uz uvođenje savremenih biohemijskih, molekularno bioloških, kvantitativno genetičkih, ekoloških, kao i varijaciono-statističkih metoda, omogućilo detaljniji uvid u različite aspekte procesa adaptacija, evolucije i specijacije. Na taj način su objedinjene, unutar jedinstvenog istraživačkog projekta „Populaciono biološki aspekti procesa specijacije“ (pod rukovodstvom prof. dr Nikole Tucića), grupe istraživača iz Instituta i Biološkog fakulteta, prvenstveno iz populaciono genetičke i populaciono ekološke grupe tadašnjeg Odeljenja za genetiku IBISS i grupe za taksonomiju i biogeografiju iz Odeljenja za taksonomiju, biogeografiju i organsku evoluciju koje je do tada postojalo u Institutu od njegovog osnivanja (predvođeno dr Sergejem Matvejevim i dr Borisom Petrovim). Odeljenje za evolucionu biologiju stoga baštini tradicije oba instituta od kojih je nastao današnji IBISS: Instituta za ekologiju i biogeografiju i Instituta za fiziologiju, razviće, genetiku i selekciju. Novoformirano Odeljenje je u prvoj polovini devedesetih i prostorno prošireno novim laboratorijama, kabinetima i prostorijama adaptiranim za gajenje životinja i biljaka. Odeljenjem su od 1991. godine rukovodili prof. dr Nikola Tucić redovni profesor Biološkog fakulteta Univerziteta u Beogradu i dopisni član SANU (1991- 1993), dr Georg Džukić, naučni savetnik IBISS (1993-2008) i prof. dr Miloš Kalezić, naučni savetnik IBISS i redovni profesor Biološkog fakulteta Univerziteta u Beogradu (2008-2016). Od 2016. godine Odeljenjem rukovodi dr Aleksej Tarasjev, naučni savetnik IBISS.
Naučna istraživanja na Odeljenju za evolucionu biologiju IBISS (koja su se do 2001. godine odvijala u okviru jedne, a od tada u okviru tri projekatske celine) bila su usmerena na brojne naučne probleme od značaja za savremenu evolucionu biologiju i srodne discipline. Saradnici Odeljenja staraju se i o bogatoj herpetološkoj zbirci IBISS koja, sa preko 25 000 primeraka, predstavlja značajni resurs za faunistička istraživanja jugoistočne Evrope. U istraživanjima je ostvarena i saradnja sa kolegama sa drugih odeljenja Instituta, pri čemu je ona bila posebno intenzivna sa kolegama sa Odeljenja za fiziologiju i biohemiju insekata, Odeljenja za biohemiju, Odeljenja za fiziologiju biljaka i Odeljenja za hidroekologiju i zaštitu voda. Takođe je ostvarena uspešna saradnja sa kolegama iz čitavog niza naučnih centara u zemlji i svetu.
Tokom 25 godina saradnici Odeljenja za evolucionu biologiju su rezultate svojih istraživanja objavljivali u najistaknutijim međunarodnim časopisima kao što su Evolution; Heredity; American Naturalist; Molecular Ecology; Journal of Evolutionary Biology; Molecular Phylogenetics and Evolution; Conservation Biology; Ecography; Biological Conservation; Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research; BMC Evolutionary Biology; Evolution and Development; Biological Journal of the Linnean Society; Journal of Zoology; Zoomorphology; Journal of Biogeography; Journal of Ecology; Environmental Science and Pollution Research; Plant Systematics and Evolution; Plant Ecology; Journal of Plant Ecology; Journal of Experimental Zoology; Behavioral Ecology; Plant Cell and Environment; Plant Physiology and Biochemistry; Journal of Mammology; Acta Oecologica; Plant Species Biology; Genetics, Selection, Evolution i mnogim drugim.
Odeljenje za evolucionu biologiju aktivno učestvuje u kontinuiranom obrazovanju mladih istraživača i stvaranju uspešnog modela interakcije nauka-obrazovanje u Srbiji. Na Odeljenju se realizuje veliki broj diplomskih, poslediplomskih i doktorskih radova - u periodu od 1991. godine uspešno je realizovano preko 25 doktorskih disertacija kojima su rukovodili saradnici Odeljenja a u okviru najrazličitijih istraživanja koja se na Odeljenju vrše. Saradnici Odeljenja za evolucionu biologiju aktivno učestvuju i u izvođenju osnovnih, poslediplomskih i doktorskih studija Univerziteta u Beogradu, a posebno na studijskim grupama u okviru Katedre za genetiku i evoluciju i Katedre za morfologiju, sistematiku i filogeniju životinja Biološkog fakulteta Univerziteta u Beogradu kao i na drugim univerzitetima u Srbiji, pre svega na Departmanu za biologiju i ekologiju Prirodno-matematičkog fakulteta Univerziteta u Nišu.
Saradnici Odeljenja aktivno učestvuju i u raznim nacionalnim i međunarodnim organima, telima, komisijama i radnim grupama prevashodno posvećenim pitanjima evolucione biologije, konzervacije biodiverziteta, zaštite životne sredine, održivog upravljanja prirodnim resursima i biološke sigurnosti. Budući da evoluciona biologija daje teorijski okvir za interpretaciju svih bioloških fenomena od gena do ekosistema, dugogodišnje kotinurano učešće saradnika Odeljenja u najrazličitijim oblicima popularizacije i promocije nauke znatno doprinosi podizanju opšteg nivoa informisanosti i obrazovanja stanovništva u oblasti biologije i čitavog niza srodnih disciplina. Sve ove aktivnosti saradnika Odeljenja za evolucionu biologiju stvaraju neophodne pretpostavke za donošenje naučno zasnovanih i dobro informisanih odluka na raznim nivoima.
Na Odeljenju za evolucionu biologiju IBISS se prvenstveno istražuje uticaj heterogenosti abiotičke i biotičke životne sredine na:
• molekularnu, citološku i morfološku varijabilnost,
• varijabilnost osobina životne istorije (posebno starenja i ontogenije) i ponašanja (uključujući izbor staništa),
• populacionu strukturu i evolucione procese (adaptacije, genetičku specijalizaciju, fenotipsku plastičnost, proces specijacije),
• evolucioni potencijal, održanje genetičkog polimorfizma i sveukupne biološke raznovrsnosti.
Pored doprinosa rešavanju najaktuelnijih teorijskih pitanja u savremenoj evolucionoj biologiji, istraživanja obuhvataju i sledeće teme:
• procenu adekvatnosti indikatora narušenosti životne sredine,
• procenu uticaja introdukovanih i invazivnih vrsta,
• procenu vijabilnosti populacija,
• filogeografske analize i ocene statusa ekosistema u regionu i Evropi,
• određivanje evolucionih i konzervacionih jedinica značajnih za strategije očuvanja autohtonih populacija i vrsta i održivo upravljanje prirodnim resursima.
Pri ovim istraživanjima poseban akcenat se stavlja na abiotički i biotički stres, efekte istorijskih i savremenih klimatskih promena, i antropogeni uticaj (npr. efekte zagađenja i fragmentacije staništa). Istraživanja se vrše u prirodnim populacijama kičmenjaka, beskičmenjaka i biljaka i na njihovim uzorcima gajenim u nativnim, antropogenim i eksperimentalnim uslovima. Koriste se najraznovrsniji eksperimentalni pristupi, metode i tehnike, uključujući geometrijsku morfometriju i eksperimentalnu strategiju laboratorijske evolucije.